Я полагаю, что ваша проблема вызвана двухэтапной функцией сохранения (описанной ниже), отключите ее и посмотрите, происходит ли она по-прежнему.
Двухэтапное сохранение
Чтобы предотвратить потерю данных в маловероятном случае сбоя jEdit во время сохранения файла, файлы сначала сохраняются во временный файл с именем # filename # save #. Если эта операция прошла успешно, исходный файл заменяется временным файлом.
Однако в некоторых ситуациях такое поведение нежелательно. Например, в Unix это создает новый i-узел, поэтому, пока jEdit сохраняет права доступа к файлу, владелец и группа файла сбрасываются, и если это жесткая ссылка, ссылка нарушается. Функцию «двухэтапного сохранения» можно отключить на панели «Общие» диалогового окна «Утилиты> Глобальные параметры»; см. раздел «Общая панель».
http://www.jedit.org/users-guide/saving.html