На этот вопрос уже есть принятый ответ, но, похоже, нужно немного разъяснить иерархию файлов Unix. Каждый, кто впервые сталкивается с файловой иерархией Unix, хочет ее изменить, даже не считая бывшего генерального директора Стива Джобса (совет в его общем направлении). Компоновка была кодифицирована для Linux в так называемом стандарте FHS (Стандарт иерархии файловых систем), который определяет местоположение и назначение каждого из типичных системных каталогов. В Википедии есть краткий список некоторых из них. Стандартная база Linux (LSB) идет дальше и описывает API-интерфейсы, которые должны присутствовать в LSB-совместимой системе, часть которой определяется FHS.
Способ Unix состоит в том, чтобы изолировать системные файлы Unix от файлов администратора и далее оба из файлов пользователя. Пользователю обычно разрешается использовать свой домашний каталог (обычно в структуре каталога /home), /tmp, /var /tmp и некоторые конкретные файлы, которые система может разрешить с помощью конфигурации или конфигурации администратора.
Администратор обычно имеет контроль над системой, но FHS резервирует несколько каталогов для администратора. В частности, /usr /local и /opt (включая некоторые другие связанные каталоги) зарезервированы системой для использования администратором. Они используются для установки программного обеспечения, которое не поддерживается или не предоставляется системой.
Система Linux, которая сегодня поддерживается и управляется создателем используемого дистрибутива, резервирует большую часть остальной иерархии файловой системы для себя. Такое разделение обязанностей помогает поддерживать безопасность и стабильность системы. При необходимости изменения могут быть внесены либо администратором, либо системой пакетов (если есть) дистрибутива. Популярные системы пакетов включают в себя Debian apt, Novell zypper, RedHat's yum или менеджер пакетов portage Gentoo. Большинство из этих менеджеров пакетов имеют средства для администратора, чтобы контролировать выбор, настройку и обслуживание системных пакетов.
В заключение разработчик приложения должен иметь в виду, что пользователь имеет ограниченный доступ к системе и не без оснований. Возиться с системными каталогами, вероятно, не в том направлении, если только для одной из целей, изложенных в FHS.
Если необходимо внести изменения, есть инструменты, доступные для обхода ситуации, включая разумное использование sudo, PolicyKit, ACL и атрибутов файлов (chmod и т.д.).
Первоначальный автор не объяснил назначение нужного ему каталога, поэтому более сложно ответить более конкретно. Я надеюсь, что этот ответ полезен.