LUKS не может зашифровать раздел /boot, но все остальное, включая ваш корневой раздел, может. Это означает, что GRUB и ваше ядро не будут зашифрованы, но все остальное, включая ваши файлы, программы и журналы, будет.
Это похоже на то, как работает TrueCrypt. Он имеет свой собственный незашифрованный загрузчик, который расшифровывает и запускает Windows.
Многие дистрибутивы позволяют шифровать целые разделы во время установки. Fedora использует обычный установщик, просто установите флажок Зашифровать эту файловую систему в настройках разбиения. Ubuntu также позволяет вам шифровать целые разделы, но вы должны использовать их альтернативный установочный носитель для этого. Live media поддерживает только шифрование в домашних каталогах.