Каждый фрагмент должен быть где-то отслежен. Это занимает место в хранилище (в канале файловой системы, а не в том, к чему у вас есть прямой доступ).
Пример. Предположим, у вас есть один файл с 1000 фрагментами. Таким образом, ваш файл хранится в коллекции случайных блоков. Скорее, чем в одном непрерывном блоке. Это означает, что фрагментированному файлу требуется в 1000 раз больше места в хранилище файловой системы, если только для хранения адресов для каждого фрагмента. Сантехника файловой системы хранит небольшие словари / базы данных / карты / таблицы / список с расположением каждого фрагмента файла. Таким образом, для работы с файловой системой хранение списка указателя одного фрагмента не требует много места по сравнению со списком из 1000 указателей фрагментов.
Но, может быть, я ошибаюсь ...
Редактировать: Вспомогательная информация здесь:
Когда нерезидентный поток данных слишком сильно фрагментирован, так что его эффективная карта распределения не может полностью вписаться в запись MFT, карта распределения также может быть сохранена как нерезидентный поток с небольшим резидентным потоком, содержащим косвенное распределение сопоставление с эффективной картой распределения нерезидентов потока данных нерезидентов.
Перевод: Если у вас сильная фрагментация, общие допущения в отношении ситуации с файловой системой не будут применяться. Таким образом, ФС должна предпринять шаги, чтобы приспособиться к фрагментации и, в конечном итоге, потребовать дополнительное пространство для хранения, просто чтобы управлять фрагментами. Именно мое предположение с самого начала.
Изменить: Учитывая вышеизложенное, все еще кажется, что 10 ГБ теряются только из-за фрагментации файла, это безумие. Держу пари, что во время дефрагментации у вас было несколько типичное повреждение файловой системы, которое было исправлено автоматически. Я думаю, что у вас была не только большая фрагментация, но и частично удаленные файлы, занимающие место на диске. Было бы неплохо увидеть журнал скандиска от этой дефрагментации (или прогон скандиска до дефрагментации)