На мой взгляд, неправильный подход заключается в том, чтобы сортировка выполнялась клиентом. В идеале, почта должна быть отсортирована сервером по прибытии (т.е. не помещаться в папку «Входящие», а в другом месте).
Настройка, которая очень хорошо выполняет эту задачу - это MDA dovecot с поддержкой sieve - sieve - это протокол, который позволяет каждому пользователю написать файл правил, который затем используется сервером для сортировки почты по прибытии. Клиенты могут связаться со службой просеивания для редактирования правил. Там существует Thunderbird плагин здесь, RoundCube WebMail также имеет поддержку для него: