В чем разница между
cp -a Dir NewDir
а также
cp -pr Dir NewDir
?
-a эквивалентно -dpr , что означает буквальное копирование символических ссылок (вместо их целей), сохранение режима, владения и меток времени, а также recurse (копирование подкаталогов)
-pr будет следовать символическим ссылкам и копировать их цели вместо физического копирования символической ссылки.  Это все еще сохранит режим, владельца и временные метки, и все еще рекурсивно.
man cp расскажет вам все, что вам нужно знать.