Во-первых, я бы не рекомендовал запускать одну и ту же установку Windows как в исходном, так и виртуальном режиме. Различия в аппаратном обеспечении между виртуальной машиной и реальной машиной, мягко говоря, приводят Windows в легкое головокружение.
Сохраните текущую установку Windows для собственного использования и создайте новую установку в рамках продукта виртуализации для запуска в Ubuntu.
Я лично использую VirtualBox и рекомендую его каждый раз. Раньше я был большим поклонником VMware, но VirtualBox только что получил преимущество, потому что он намного более открыт, чем VMWare. Даже "бесплатные" продукты VMWare кажутся чем-то ограниченными и неуклюжими по сравнению. С тех пор, как VMWare Server (который я использовал все время) перешел к веб-интерфейсу, у меня не было никаких проблем с ним, и он просто отказывался работать в некоторых операционных системах (вы должны применять патчи заставить его работать с Ubuntu).
QEmu Я даже не помещаю в один класс с VirtualBox и VMWare. Несмотря на то, что он используется (я использую его для тестовой загрузки моего программного дистрибутива), производительность и удобство использования значительно ниже, чем у VirtualBox.
Итак, VirtualBox.
Убедитесь, что вы используете версию 4, а не более старую версию 3, которая есть в основной версии Ubuntu. Вам нужно будет зайти на сайт VirtualBox и добавить репозиторий в свой исходный файл apt или загрузить его вручную. Я предпочитаю добавлять хранилище, так как оно делает обновления для вас.