Существует большой риск запуска системы, которая была заражена и "очищена" от вирусов. Многие современные трояны имеют запрограммированные в них подпрограммы, которые позволяют загружать дополнительные вредоносные программы. Иногда программисты других вирусов даже используют бэкдоры, открытые вредоносными программами, для распространения своих троянов.
Если вы используете свой компьютер для чего-то еще, кроме простого интернет-серфинга (что вы делаете, как вы вошли на этот сайт). Я настоятельно рекомендую вам отформатировать жесткий диск. Если вы используете eBay, Amazon, онлайн-банкинг или делитесь своими паролями и именами пользователей на многих сайтах, это IMO - риск, на который я бы не пошел. Возможно, ваш компьютер уже заражен руткитом, который невозможно обнаружить с помощью программного обеспечения, установленного на вашем компьютере.
Даже если вы используете live cd для сканирования вашей системы, у вас может быть вирус, которого система не находит. Сделайте резервную копию своих данных, сделайте себе одолжение и установите новую безвирусную систему. Если у вас есть резервные копии (которых у вас, вероятно, нет), это должно занять менее двух часов.