Это правильный способ сделать это? Или я как-то нарушаю целостность моей системы?
Да, это правильный способ сделать это. Единственная проблема может заключаться в том, что вы установили неподписанный пакет. Но так как вы знаете, что вы сделали, это не должно быть проблемой.
Нужно ли делать dpkg после установки старой версии, чтобы она была правильно настроена? А как насчет зависимостей? Что произойдет, если я только что установил dpkg, а не apt-get первым?
Используйте dpkg для установки пакетов, которые не находятся в репозитории, но доступны для вас в виде файла. Если пакет находится в репозитории, я бы рекомендовал добавить репозиторий и использовать apt-get или aptitude.
dpkg не обрабатывает зависимости. Если бы вы сначала установили через dpkg, а не через apt-get, то не должно быть никакой разницы.
Нужно ли создавать дабы для Ubuntu или подойдут версии для Debian?
Это зависит :) Обычно безопаснее использовать деб, созданный для вашей конкретной версии Ubuntu. Но если не так много зависимостей, может также работать и версия, созданная для Debian. Если не уверены, просто попробуйте;)
В этом отношении, что относительно rpms или компиляции из источника?
rpms - это другой формат пакета, используемый в основном fedora, opensuse и корпоративными дистрибутивами. Обычно они не годятся для систем на основе Debian. Компиляция из исходного кода должна быть вашим последним средством, если вам действительно нужно программное обеспечение и вы не можете получить упакованную версию.
Опять же, это зависит, это может быть довольно просто, но это может быть неприятно, но, в основном, в зависимости от зависимостей. Кроме того, управлять установленным программным обеспечением проще, если вы используете упакованное программное обеспечение (конечно - при создании исходного кода формы вы можете пройти лишнюю милю и собрать пакет, нет ничего невозможного, но это больше работает).