NTFS в целом является более надежной файловой системой, но главное препятствие для FAT32, с которым я сталкиваюсь, это ограничение размера файла 4 ГБ - у вас не может быть одного файла размером более 4 ГБ, что исключает определенные вещи, такие как образы DVD или фильмы HD , так далее.
Кроме того, NTFS является журналом FS и, как правило, более устойчива к коррупции и фрагментации. (Существует целый ряд дополнительных функций, добавляемых NTFS, от жестких ссылок до улучшенных средств управления доступом, но они не всегда актуальны для вашего типа использования.)
http://en.wikipedia.org/wiki/NTFS содержит немного более подробную информацию.
Большая часть этого вряд ли будет иметь значение, если вы будете осторожны и сохраните свои данные в резервной копии; Я использую FAT32 по крайней мере на одном внешнем жестком диске, и у меня не было никаких проблем, кроме размера файла, но я также не использую его для долговременного хранения чего-либо.