Прежде всего, нельзя «написать книгу в формате PDF». PDF-файлы обычно не предназначены для редактирования на этом уровне. Это может быть сделано теоретически, но практически вы будете создавать свой документ в другой программе / формате, таком как Word, OpenOffice, TeX, DocBook или HTML, а затем конвертировать его в PDF.
Закладки и содержание будут зависеть от приложения, в котором вы пишете документ, и от того, как он конвертируется в PDF.
Если ваш исходный документ имеет оглавление, связанное с пунктами назначения в документе, и вы используете какой-то вид экспорта PDF, который знает, как использовать эту информацию, тогда он может создать PDF с внутренним связыванием оглавления.
Например, если вы используете Word и создаете оглавление в своем рабочем документе, а затем используете его встроенную функцию «Сохранить как PDF» (или Acrobat PDF Maker, или PDF-T-Maker), тогда он создаст все эти закладки для вас.
Если вы используете "Блокнот и PDFCreator" для "Печать в PDF", это не сработает.
Другие типы файлов зависят от того, как они конвертируются в PDF. Acrobat может использовать HTML-страницы (веб-сайты) и создавать закладки.