Файлы EPub ни к чему не нужно переформатировать. Основная цель этого стандарта заключается в том, что контент является "перезагружаемым", что означает, что его можно переформатировать в соответствии с отображающим его устройством.
Короче говоря, контент (предоставленный ePub) отделен от формата (определяемого читателем на устройстве).
Если вы хотите лучше контролировать то, что отображается (у вас есть что-то, что требует определенного форматирования, например, техническое руководство), преобразуйте его в менее гибкий формат, такой как PDF.