У меня странная проблема, не последний Chrome, и Chromium не открывает ссылки от сторонних приложений, таких как Skype (я тестировал последние стабильные и последние бета-версии).
Это легко воспроизвести, если я установлю Firefox в качестве браузера по умолчанию и нажму на ссылку в сообщении Skype, он откроется в Firefox в качестве новой вкладки.
То же самое не работает, если браузером по умолчанию является Chrome.
ОС: Windows 7 64, я уже выполнил проверку на вирусы и т.д.