Как я спросил здесь, я узнал, что переменная окружения PATH отличается в зависимости от того, как я запускаю приложение.
Использование 'aquamacs' из командной строки запускается поверх bash, поэтому переменная PATH копируется в переменную PATH в eshell.
Но как насчет нажатия на иконку Aquamacs? Какая переменная PATH устанавливается, когда я нажимаю на приложение с Mac OS X? И как переменная PATH задается таким образом?