Вероятно, есть небольшие различия в предлагаемой функциональности, но оба они могут быть использованы для достижения одной и той же цели. Фактически, вот что говорит страница справочника для reboot
:
При вызове с параметром --force или на уровне выполнения 0 или 6 этот инструмент вызывает сам системный вызов reboot(2) и непосредственно перезагружает систему. В противном случае это просто вызывает инструмент shutdown(8) с соответствующими аргументами.
Кроме того, похоже, что информация RUN-LEVEL для обеих операций одинакова. Судя по страницам справки по перезагрузке и выключению, похоже, что завершение работы обеспечивает немного более низкоуровневую функциональность, а перезагрузка - это инструмент более высокого уровня, который использует выключение.