Моя интуиция заключается в том, что OS X и ее приложения не предназначены для работы в нескольких случаях. Когда два процесса вносят изменения в одни и те же файлы предпочтений .plist одновременно, вы можете получить непреднамеренное поведение. Некоторые приложения предназначены для работы в настройке "библиотеки проектов", например GarageBand и новый iMovie (эти приложения могут работать только над одним проектом одновременно), но если Xcode позволяет открывать несколько проектов одновременно, это определенно путь. Почти все приложения на основе документов работают таким образом, например: Office, TextEdit, Safari.
Если вы новичок в Mac, скоро станет очевидно, что окно - это не то же самое, что запущенное приложение. Одно приложение может иметь много окон одновременно, и закрытие всех этих окон по отдельности не обязательно закрывает приложение (хотя это иногда имеет место, см. Системные настройки.) Вместо того, чтобы переключаться между окнами с помощью alt-tab, вы переключаетесь между приложениями с помощью Command-Tab и переключаетесь между открытыми окнами этого приложения с помощью Command-`(обратная клавиша, клавиша ~). Закрывая приложения, приобретайте привычку выбирать выход из меню приложения (или нажимать Command-Q) вместо того, чтобы выкидывать из каждого открытого окна. В большинстве случаев это приведет к тому, что приложение все еще будет работать с 0 открытыми окнами. Запущенные приложения обозначаются светящимися лампочками под значками их док-станции, а также отображаются в переключателе приложений Command-Tab.
Подсказка: чтобы быстро выйти из нескольких приложений, удерживайте нажатой клавишу Command, используйте клавишу Tab или Shift-Tab, чтобы выбрать каждое приложение, которое вы хотите закрыть, и нажмите q, чтобы отправить каждому из них команду выхода. Затем отпустите вкладку, чтобы переключиться на приложение, которое вы хотите использовать, когда оно выбрано.