У меня есть несколько учетных записей Gmail, связанных через IMAP с Thunderbird и моим iPod touch.
Используя IMAP, сообщения хранятся на сервере, и, перемещая их в моем почтовом клиенте, изменения отражаются на сервере. POP загружает сообщения с сервера на мой клиент, и нет обратной связи с сервером.
Если я добавлю несколько ярлыков через интерфейс gmail в браузере, то сообщение будет «продублировано» в каждой из соответствующих папок в Thunderbird. (С IMAP).
Если я хочу нанести несколько меток с помощью Thunderbird, то мне нужно удерживать кнопку Shift (я думаю?) перетаскивая сообщение в другую папку. В Gmail это применяет две метки (или более) к сообщению, не дублируя сообщение. Если вы выполняете это действие с учетной записью POP, то ваше сообщение дублируется - но только локально, изменения, внесенные на клиенте, не отражаются в учетной записи POP на сервере.
Надеюсь это поможет.