Есть несколько вещей, которые нужно сделать правильно при создании пользовательских сценариев запуска SysV init. Во-первых, они должны быть в правильном каталоге. Обычно сценарии инициализации размещаются в /etc/init.d или /etc/rc.d или /etc/init.d/rc.d, в зависимости от того, какой каталог использует ваш дистрибутив ОС. Затем в правильном каталоге уровня выполнения должна быть сделана символическая ссылка с правильным именем. Вы можете проверить /etc /inittab на наличие строки со словом default или defaultinit или аналогичной. Там есть номер. Это скажет вам уровень запуска по умолчанию, когда ваша система загружается. Например, для большинства систем уровень запуска по умолчанию равен 5. Это означает, что символическая ссылка должна идти в каталог /etc/rc5.d, /etc/init.d/rc5.d или аналогичный. Эта ссылка должна начинаться с буквы S, за которой следуют 2 цифры и любое другое имя. Например, /etc/rc.d/rc5.d/S99rc.test будет символической ссылкой на /etc/rc.d/init.d/rc.test.
Инструмент chkconfig делает все это за вас. Ваш скрипт должен иметь определенный набор комментариев для корректной работы chkconfig. Проверьте man-страницу chkconfig для получения дополнительной информации.
Надеюсь это поможет.