- Ctrl+H
 
- Найдите что: 
^(\S+)\R(\S+)\R 
- Заменить на: 
$1\t$2\t 
- проверить обернуть
 
- проверьте регулярное выражение
 
- Заменить все
 
Объяснение:
^           : beginning of line
(\S+)       : group 1, 1 or more non space characters
\R          : any kind of linebreak
(\S+)       : group 2, 1 or more non space characters
\R          : any kind of linebreak
Замена:
$1          : content of group 1
\t          : a tabulation, replace with a space depending on your need
$2          : content of group 2
\t          : a tabulation, replace with a space depending on your need
Результат для данного примера:
A   B   C
D   E   F
G   H   I
Чтобы иметь дело с предложениями вместо букв:
- Найти что: 
^(.+)\R(.+)\R 
- Заменить на: 
$1\t$2\t 
Пример файла до:

После:
