У MS есть документ, описывающий 6 случаев, когда файл не может быть удален, с мерами защиты. Из вашего описания ваша ситуация подпадает под заголовок "Причина 5".
Причина 5: имя файла включает зарезервированное имя в пространстве имен Win32
Если имя файла содержит зарезервированное имя (например, "lpt1") в пространстве имен Win32, вы не сможете удалить файл. Чтобы решить эту проблему, используйте не-Win32 программу для переименования файла. Вы можете использовать инструмент POSIX или любой другой инструмент, который использует соответствующий внутренний синтаксис для использования файла.
Кроме того, вы можете использовать некоторые встроенные команды для обхода типичных проверок зарезервированных имен Win32, если вы используете определенный синтаксис для указания пути к файлу. Например, если вы используете команду Del в Windows XP, вы можете удалить файл с именем "lpt1", если вы укажете полный путь к файлу, используя следующий специальный синтаксис:
del \\?\c:\path_to_file\lpt1
Для получения дополнительной информации об удалении файлов с зарезервированными именами в Windows NT и Windows 2000 щелкните следующий номер статьи, чтобы просмотреть статью в базе знаний Майкрософт:
120716 Как удалить файлы с зарезервированными именами в Windows
Для получения дополнительных сведений об удалении файлов с зарезервированными именами в Windows XP щелкните следующий номер статьи, чтобы просмотреть статью в базе знаний Майкрософт:
315226 Как удалить файлы с зарезервированными именами в Windows XP
Если вы откроете дескриптор файла с помощью типичного механизма Win32 CreateFile, определенные имена файлов зарезервированы для устройств DOS старого стиля. Для обратной совместимости эти имена файлов не разрешены, и их нельзя создать с помощью типичных вызовов файлов Win32. Однако эта проблема не является ограничением NTFS.
Вы можете использовать программу Win32 для обхода типичных проверок имен, которые выполняются при создании (или удалении) файла, используя ту же технику, что вы используете для обхода папок глубже, чем MAX_PATH. Кроме того, некоторые инструменты POSIX не подлежат проверке имен.
Поэтому я бы порекомендовал вам попробовать:
del \\?\C:\Users\DOBRE\AppData\Local\MyApps\CygWin\usr\share\avogadro\crystals\zeolites\CON.cif