AutoHotKey не нужен. Windows делает раскладки ключей через реестр:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout]
"Scancode Map"
Кроме того, левая и правая клавиши Win и CTRL имеют свои собственные значения. Если вы хотите, чтобы оба сопоставлялись с CTRL, вам нужно обязательно указать оба на карте:
Правое окно в правое CTRL:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\ Раскладка клавиатуры] "Карта кодов сканирования" = hex:00,00,00,00,00,00,00,00,02,00,00,00,1d, e0,5c, e0 , 00,00,00,00
Левые окна влево CTRL:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout]
"Scancode Map"=hex:00,00,00,00,00,00,00,00,02,00,00,00,1d,00,5b,e0,00,00,00,00
Оба ключа Windows:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout]
"Scancode Map"=hex:00,00,00,00,00,00,00,00,03,00,00,00,1d,00,5b,e0,1d,e0,5c,e0,\
00,00,00,00
Сделайте резервную копию своего реестра и объедините соответствующие записи, перезагрузите компьютер, и все готово.
Я лично использовал утилиту SharpKeys для сопоставления клавиши CTRL на моей очень старой клавиатуре с клавишей Windows (чего не хватает).