Читая код на github, я обнаружил проблему, которая намекала на решение.
Вот командная строка, которую я использовал
uwsgi --log-date="%Y:%m:%d %H:%M:%S" --logformat-strftime --logformat="%(ftime) %(addr) (%(proto) %(status)) %(method) %(uri) : Retned %(size) bytes in %(msecs) msecs to %(uagent)" --http :9090 --wsgi-file foo.py
Я практически не мог придумать это, читая документы. Для этого требуются все 3 варианта (не уверен, что порядок имеет значение) и использование (% ftime), которое вообще НЕ упоминается на странице документации logformat, только в журнале изменений для одного из выпусков.
Не представляется возможным получить миллисекунды в строке журнала