По крайней мере, я думаю, что это какое-то всплывающее окно. Вот снимок экрана, это коробка с "МТ" слева. 
Окно не является всплывающим или, по крайней мере, не ведет себя как единое целое - я не могу закрыть его, и оно всегда остается поверх любого окна. История, которую он показывает, меняется. Я использую Chrome. Я не вижу ничего, чего не должно быть в расширениях. Я использую Debian Jessie с Gnome 3.14.1. Я не вижу ничего явно подозрительного в запущенных процессах, хотя я не эксперт. Я перезапустил, и он все еще там. Я считаю, что не появляется, пока я не открою хром.
РЕДАКТИРОВАТЬ: В некоторых отношениях окно ведет себя так, как будто его там нет: если я нажму на определенные его части, щелчок будет действовать на то, что покрывает окно. Но если я щелкну правой кнопкой мыши по тексту, он откроет вкладку в Chrome, отображающую статью, которую просматривает окно.