Чтобы запустить команду на локальном компьютере, используйте! перед командой. Таким образом, чтобы увидеть локальный текущий каталог на машине окна использовать!CD (так как CD сам по себе в Windows сообщает о текущем каталоге). Чтобы увидеть список каталогов текущего каталога используйте!вместо этого dir (который также показывает текущий путь к каталогу вместе с содержимым каталога).
Для графических SFTP-программ существует WinSCP, как упоминается Slobo, а также Filezilla. Могут быть и другие, так как большинство FTP-программ, вероятно, начали включать поддержку SFTP наряду с обычной поддержкой FTP (и SCP также вполне возможно).