Для этих конкретных файлов не должно быть никаких негативных последствий, при условии, что вы действительно можете заставить систему позволить вам изменить их владельца (такими файлами обычно нужно манипулировать с помощью внешних средств, потому что даже учетные записи администратора не могут связываться с ними). Сам пользователь существует с целью обеспечения того, чтобы никто не путался с файлами, которыми манипулируют во время обновлений, поэтому вне конкретного случая каталога windows.old с ними обычно очень плохо связываться. Единственное конкретное влияние на каталог windows.old , что он открывает еще одну область, которую вредоносные программы могут скрыть, и предотвращает откат к предыдущей установке (хотя, учитывая то, что вы сказали, я сомневаюсь, что последняя проблема).
Что касается их фактического изменения, есть несколько способов, но все официально санкционированные требуют загрузки в среду восстановления. Метод, который я обычно использую на своем ноутбуке, когда это происходит, состоит в том, чтобы загрузиться в Linux, а затем скопировать файлы в другое место (это очистит владение файлами). Пара моих друзей обычно использует Windows PE или режим восстановления, чтобы получить к ним доступ и скопировать данные в другое место, но это не всегда работает надежно из того, что я слышу.
