Используйте инструмент robocopy с ключом /xn. Я считаю, что Server 2008 поставляется с Robocopy в качестве стандарта.
/XC :: eXclude Измененные файлы.
/XN :: eXclude Более новые файлы.
/XO :: eXclude Старые файлы.
/XX :: eXclude eXtra файлы и каталоги.
/XL :: eXclude Lonely файлы и каталоги.
/MOV :: MOVe файлы (удалить из источника после копирования).
/MOVE :: MOVE файлы и каталоги (удалить из источника после копирования).
так что команда будет что-то вроде
robocopy OLDDIR NEWDIR /MOVE /XN
это переместит все старые файлы, но не перезапишет новые
Вы всегда можете использовать переключатель /L, чтобы выполнить пробный прогон, это покажет вам, что произойдет, фактически ничего не делая. Некоторые вещи могут отличаться в 2008 году, я использую версию XP.