Оба пытаются решить одни и те же проблемы.
Основным отличием оболочек CMD и * nix является экосистема, в которой они выросли. CMD/BAT родом из MS-DOS, в то время как csh, ksh, bash и т.д. Все начинали с определенной разновидности unix/linux.
При этом, как правило, вы можете сделать гораздо больше с оболочкой * nix с точки зрения автоматизации и программирования, но они оба неуклюжи по сравнению с современным языком, таким как python, который также может использоваться с интерфейсом типа оболочки.
В последние годы Microsoft вложила значительные средства в PowerShell (еще один интерфейс командной строки, который поставляется со всеми текущими версиями Windows), и теперь она достаточно развита и имеет гораздо больше функций, чем CMD/BAT.
Это действительно сводится к тому, что у вас есть доступ и вам удобно использовать на данной платформе. Вы даже можете запустить bash в Windows 10 сейчас!