Итак, нужно учитывать, что даже многие «быстрые USB-накопители» не имеют контроллеров, которые были бы столь же хороши для случайных операций ввода-вывода, как SSD (или даже HDD для этого вопроса). Это может иметь или не иметь значения для вашей конкретной рабочей нагрузки, но, безусловно, есть НЕКОТОРЫЕ USB-накопители «200 МБ / с», которые имеют такую плохую производительность произвольного чтения / записи, что они очень заметно ухудшаются при использовании в качестве загрузочных накопителей. Есть также (как отмечает HN Singh) проблемы с надежностью большого количества флэш-накопителей - вполне возможно, что то, что у вас есть, не подвержено этому, но на это стоит обратить внимание еще раз.
Все это говорит о том, что я сделал то, что вы описываете, используя Samsung EVO 840 SSD с "обычным" USB 3.0 <-> SATA-адаптером. Я не смог заметить какой-либо значимой разницы в обычном использовании по сравнению с изначально установленным диском, за исключением небольшого сокращения в некоторых синтетических тестах. Я также создал ее как систему WinToGo, и я в основном использую ее для переноса "известной установки" windows 10 для запуска на любом другом случайном оборудовании, которое у меня есть. Для меня это прекрасно работает.
Исходя из вашего вопроса, я также быстро использовал эту конфигурацию в качестве загрузочного диска для гостевой машины под Ubuntu 16.04/KVM/qemu - в данном случае тот факт, что машина была загружена с USB/SATA-адаптированного диска, похоже, не тоже не важно. Производительность, казалось, ничем не отличается от загрузки "обычного" образа виртуальной машины Windows из локального хранилища хост-машины.
трудно конкретно ответить на ваши вопросы, но, надеюсь, это поможет хотя бы некоторым.