Обычно вам нужно использовать стороннее программное обеспечение для полного тестирования жесткого диска. Технически вы можете выполнить команду chkdsk /r из командной строки, чтобы выполнить 5 этап chkdsk. Это проверит все физические сектора диска в дополнение к файловой системе. Любые плохие сектора будут помечены как плохие и больше не будут использоваться. Но если вы хотите выполнить полную диагностику, вам нужно использовать сторонний инструмент.
Какой инструмент вы используете, обычно зависит от производителя вашего жесткого диска. Для Seagate вы бы использовали SeaTools (http://www.seagate.com/ca/en/support/downloads/seatools/) для Western Digital, вы бы использовали их программное обеспечение Data Lifeguard (http://support.wdc.com/downloads.aspx?lang=en)
У большинства производителей есть бесплатная утилита, которую вы можете использовать для тестирования вашего диска. Существуют также другие платные утилиты, которые можно использовать против любого типа накопителя, независимо от того, кто его изготовил, например QuickTech Premium (http://www.uxd.com/quicktech-premium.html).