A1: Время на «шифрование» /«дешифрование» полного контейнера (раздела) на месте (иначе говоря, без потери данных) может занять очень много времени… если раздел пустой, лучше сделать это другим способом (не на месте) и запретите делать это по полной программе, после подключения используйте инструмент для заполнения свободного пространства в качестве фоновой задачи (создайте фиктивный файл, заполняйте его до тех пор, пока раздел не будет заполнен, а затем удалите его).
A2: Шифрование / описание на «смонтированном» выполняется на лету, и только блоки, которые считываются / записываются, дешифруются / кодируются ... так что, если процессор достаточно быстрый (и не перегружен другими процессами), а жесткий диск достаточно медленный, это не окажет влияния на скорость ... но если, скажем, HDD может записывать со скоростью 1,3 ГБ / с (самые быстрые твердотельные карты памяти PCIe, до 1 ТБ), а ЦП может только шифровать / дешифровать со скоростью 100 МБ / с, будет очень большое влияние на скорость.
A3: Чтобы использовать CloneZilla и аналогичные программы, лучше всего сначала использовать (может потребоваться некоторая установка на LiveCD и это может быть длительным процессом). VeraCrypt смонтировать диск, а затем выполнить клонирование, чтобы инструмент клонирования видел его как незашифрованный. Помните (для безопасности), чтобы сохранить образ в «безопасном» месте, то есть в другом зашифрованном разделе на смонтированном внешнем носителе, или в любом другом месте, которое вы считаете «безопасным» ... чтобы восстановить его ... сделать опозит ... смонтировать VeraCrypt и восстановить там, затем (при необходимости) использовать VeraCrypt Rescu для восстановления загрузки и т. д.
A3 *: Другой вариант - клонировать зашифрованный раздел без его монтирования, но таким образом он необходим больше, чем полный размер, так как свободное место не будет известно без монтирования ... я рекомендую монтировать до клонирования / восстановления.