Почему были созданы два файла?
mklink /J "%APPDATA%\Apple Computer\MobileSync\Backup" "D:\iTunes Backup"
Указанная команда не работает. Синтаксис для mklink :
MKLINK [[/D] | [/H] | [/J]] Link Target
где link - это "Новое символическое имя ссылки", а не имя каталога, включая полный путь.
Кроме того, вы не можете сделать ссылку, где имя уже существует. 
Если вы были в каталоге "%APPDATA%\Apple Computer\MobileSync" и попытались выполнить команду:
mklink /J Backup "D:\iTunes Backup"
Тогда вы получили бы ошибку:
  Невозможно создать файл, если этот файл уже существует
Обратите внимание, что в сообщении об ошибке говорится, что файл уже существует вместо папки. Это связано с тем, что система видит ссылки как ярлыки (файлы), а не как папки.
Как перенаправить файл резервной копии iTunes на внешний жесткий диск?
Используйте следующую процедуру:
Создайте D:\iTunes Backup если он не существует. Теперь у вас есть цель для перехода:
md D:\iTunes Backup
 
Перейдите в существующий каталог резервного копирования:
cd "%APPDATA%\Apple Computer\MobileSync\Backup"
 
Переместите любые существующие файлы в D:\iTunes Backup:
move * "D:\iTunes Backup"
Если есть какие-либо папки, переместите их.
 
Перейдите на один каталог в папку "%APPDATA%\Apple Computer\MobileSync\:
cd ..
 
Удалить каталог резервного копирования:
rd Backup
 
Создать перекресток:
mklink Backup "D:\iTunes Backup"
Вы должны увидеть сообщение вроде:
  Соединение создано для резервного копирования << === >> D:\iTunes Backup
 
Дальнейшее чтение