Итак, очень короткий ответ на первоначально заданный вопрос: да, вы можете использовать vlc в Linux для преобразования аудиофайла, закодированного в AAC, в контейнер MP4, который должен воспроизводиться на устройствах iOS. (У меня нет iOS-устройства, чтобы проверить это.)
Вот пошаговое руководство по использованию vlc для преобразования аудио файлов.
Тем не менее, обратите внимание, что для использования кодировки AAC вы, вероятно, должны сначала установить для параметра FFmpeg "принудительная строгость" значение -2, как описано здесь.
Если это не так, версия FFmpeg, которую вы используете, является достаточно новой, тогда настройка принудительной строгости больше не требуется.
Но наличие файла в правильном формате, который поддерживается на устройстве iOS, - это только один шаг к тому, чтобы заставить его воспроизводиться на указанном устройстве.
Файл по-прежнему должен быть добавлен в базу данных устройства, чтобы он мог воспроизводиться.
Официально поддерживаемый Apple метод заключается в добавлении аудиофайлов в библиотеку itunes на ПК и последующей синхронизации указанной библиотеки с устройством iOS, как описано здесь.
На самом деле даже аудио-файлы PCM и mp3 должны поддерживаться на устройствах iOS, поэтому, вероятно, преобразование в aac даже не требуется.
Загрузка аудиофайлов на iOS из системы Linux кажется довольно сложной задачей.
Самым надежным способом передачи аудиофайлов на iPad и их воспроизведения может быть использование облачного сервиса, такого как dropbox, как описано здесь.