У меня возникла проблема, идентичная:повторяющаяся команда в выводе для приглашения zsh. Например, команда, которую я выполняю, повторяется на следующей строке, а затем следует вывод команды.
Но, к сожалению, в ОП этого вопроса не было указано, какой файл конфигурации отвечает за проблему. Я просмотрел .oh-my-zsh/ и не нашел ничего подозрительного (не говоря уже о том, что нужно просмотреть много файлов). Я пытался отключить все плагины и менять темы, но безрезультатно. Только запуск zsh -f (не читать конфигурационные файлы) устраняет проблему. Я использую 64-битную версию Xubuntu, в которой есть только zsh 5.0.2, поэтому я скомпилировал zsh 5.2 самостоятельно и попробовал с этим, но результат тот же.