Основным инструментом синхронизации является вездесущий Unix Rsync, и вы хотите его в Windows. Он может найти недостающие файлы и скопировать их. Это может сделать гораздо больше, но, похоже, это удовлетворит ваши потребности.
cwRsync в основном rsync для окон, который даже поставляется с клиентским графическим интерфейсом для простоты использования: https://www.itefix.net/cwrsync
Rsync использует алгоритм Rsync, который обеспечивает очень быстрый метод синхронизации удаленных файлов. Он делает это, отправляя только различия в файлах по ссылке, не требуя, чтобы оба набора файлов присутствовали на одном из концов ссылки заранее. На первый взгляд это может показаться невозможным, поскольку для вычисления различий между двумя файлами обычно требуется локальный доступ к обоим файлам.
DeltaCopy является альтернативой, вы можете найти GUI менее пугающим, возможно, и с открытым исходным кодом:
http://www.aboutmyip.com/AboutMyXApp/DeltaCopy.jsp
В общем, DeltaCopy - это программа быстрого инкрементного резервного копирования с открытым исходным кодом. Допустим, вам нужно сделать резервную копию одного файла размером 500 МБ каждую ночь. Обычная копия файла будет копировать весь файл, даже если изменилось несколько байтов. DeltaCopy, с другой стороны, будет копировать только часть файла, которая была фактически изменена. Это сокращает передачу данных до небольшой доли в 500 МБ, экономя время и пропускную способность сети.
С технической точки зрения, DeltaCopy является "дружественной Windows" оболочкой для программы Rsync, в настоящее время поддерживаемой Уэйном Дэвисоном. "rsync" в первую очередь предназначен для систем Unix/Linux/BSD. Хотя порты доступны для Windows, они обычно требуют загрузки библиотек Cygwin и ручной настройки.